基因合成FAQ
Q1：與傳統PCR克隆相比，基因合成有什么優點？
A1：基因合成有如下優點：
- 密碼子優化技術（專利申請公開號：WO2020024917A1）提高了蛋白的表達量及可溶性；
- 成本效益低，通過普通PCR克隆方法構建組織特異性cDNA文庫是費時費錢的；
- 基因合成獲得的基因無突變、準確，普通PCR產生非預期結果的可能性大，從而影響后續實驗的進行；
- 不需要依賴模板以及酶切位點。
Q2：金斯瑞基因合成服務的優勢有哪些？
A2：金斯瑞基因合成服務主要競爭優勢：
- 先進的基因合成平臺：可以合成任何基因，包括含重復序列（重復次數無限制）、高GC含量、發夾結構、連續單一堿基重復等富含特殊結構的復雜基因；
- GenSmart密碼子優化技術：提高了蛋白表達量及可溶性，促進蛋白正確折疊；
- CloneEZ“無縫”克隆技術：以克隆系統為基礎的新一代CloneEZ“無縫”克隆技術能夠在30分鐘內精確有效地將基因克隆到任何載體；
- 成本效益：為客戶提供具有競爭力的價格，幫助客戶減少預算支出；
- 客戶信息安全保證：金斯瑞基因合成周期短，特有的安全制度保證客戶的信息安全，公司嚴格按照與客戶簽定的基因合成服務協議和保密合同執行服務；
- 良好的客戶信任度：服務質量可靠，提供DNA測序結果，準確合成，序列準確無誤。金斯瑞為客戶合成的許多基因，在其發表的高水平文章中得到引用。
Q3：金斯瑞能合成多長的基因？
A3：沒有長度限制，金斯瑞可為您合成長達10kb及以上的基因序列。且金斯瑞已挑戰合成成功的基因有：長達50kb的基因；>70%高GC含量或<30%低GC含量的基因；重復片段基因；強二聚體結構的基因；含100多個連續腺嘌呤的基因 (aaaaaaa……)等幾千種復雜基因。
Q4：密碼子優化有必要嗎？
A4：對于用于蛋白表達的基因來說，多數情況下是有必要的。如真核生物的基因需要在原核生物中表達。由于真核生物的密碼子偏好和原核生物有很大不同，對基因進行密碼子優化將顯著提高表達效率。
Q5：如需基因優化，我需要提供哪些信息？
A5：若需基因優化，我們需要您提供如下信息：a.被優化的基因序列或者蛋白序列；b.優化的宿主；c.基因兩端需添加的酶切位點或者基因內部需去除的酶切位點；d.是否需要特定的終止密碼子；e.是否需添加Kozak序列，對于哺乳動物系統我們一般建議您添加Kozak序列。
Q6：如想在兩種不同的宿主中表達目的蛋白，金斯瑞是否能夠在兩種宿主中進行優化？
A6：可以。我們的優化工具可以幫助您同時針對兩個不同宿主物種進行基因優化。該工具可同時載入兩個宿主的密碼子偏向性和順勢作用元件等優化參數，雙宿主優化算法會搜尋兩個宿主表達的平衡點，以求在兩個宿主中都可以得到令人滿意的蛋白表達量。但是在兩個宿主物種的親緣關系比較遠等情況下，雙宿主基因優化則很有可能在兩個宿主中都得不到理想的優化結果。如果您在您的雙宿主優化結果中發現了CAI小于0.80，大量順勢作用元件沒有被過濾掉，或其他可能影響基因表達的現象，我們推薦您針對兩個宿主分別使用我們的單一宿主優化方法。
Q7：在大腸桿菌表達系統中，哪種終止密碼子具有偏好性？在哺乳動物系統中呢？
A7：在大腸桿菌中，TAG很少用；經常使用的是TAA；TGA也可以。在哺乳動物中，TGA的使用頻率高于TAA和TAG。相對于哺乳動物和大腸桿菌之間的不同，密碼子使用表在哺乳動物不同有機體間的區別不是很大。
Q8：pUC57-simple和pUC57這兩載體有什么區別？在什么情況下，金斯瑞建議使用pUC57-simple載體？
A8：a.pUC57-simple載體在pUC57載體基礎上去除了MCS區，僅保留了NdeI和EcoRV兩個常用酶切位點；b.金斯瑞免費提供pUC57標準載體。通常來說，合成的基因將被克隆進標準載體的Sma I或EcoR V位點。如果客戶要求避免一些載體上常用的酶切位點以方便后續的亞克隆需求，我們建議客戶使用pUC57-simple載體。
Q9：金斯瑞可以將合成的基因克隆到我指定的載體嗎？
A9：可以。除pUC57和pUC57-simple，其它的載體需要由客戶自己提供。如果您需要將合成的基因克隆到您指定的載體上，需要您提供載體相關信息，我們會根據目的基因的長度收取相應的亞克隆費用。
Q10：基因合成服務提供的數據報告包含哪些文件，每個文件需要使用什么軟件打開？
A10：您所收到的基因合成服務數據報告是RAR格式的壓縮文件，可以使用Winrar（4.0以上版本）打開，數據報告共含有4 類文件，分別為：
- Seq格式文件——根據您提供訂單序列生成的目標序列文件，可以使用DNASTAR 軟件打開；
- abi或ab1格式文件——測序彩圖，可以使用Chromas 軟件打開；
- SQD格式文件——將目標序列（Seq）和測序結果（abi或ab1）對比得到的Alignment文件，該文件可以使用DNASTAR 打開；
- PDF 格式文件——此類文件一般有2個，1個是質粒圖譜，1個是QC文件。
Q11：如何使用金斯瑞基因合成交付的質粒及穿刺菌？
A11：質粒使用方法：
- 所提供的質粒進行了真空冷凍干燥，干燥后的質粒呈薄膜狀或粉末狀附在離心管底部，使用前請先離心再小心開啟，以免丟失；
- 標簽上已注明質粒抽提的方式和質粒的量，對于正常訂單，通常使用質粒小抽方法進行抽提，通過紫外分光光度計在260nm波長下進行定量。所供質粒保證OD260/OD280在1.80～2.0之間，滿足一般的分子生物學實驗要求，如PCR 擴增、酶切、轉化和測序等；
- 提供4μg凍干質粒DNA（低拷貝1μg凍干質粒DNA），建議用40μL滅菌后的雙蒸水或10mM pH8.0 的TE緩沖液來溶解，溶解后的質粒濃度為100ng/μL。您也可以根據實驗需要來溶解質粒；
- 溶解后的質粒請于-20℃保存，并請避免反復凍融。
穿刺菌使用方法：
- 我們同時提供一管穿刺菌備用，宿主菌的名稱已經在標簽上注明；
- 穿刺菌請在4℃保存，保存周期為1個月；
- 您可以根據質粒的抗性來進行擴大培養，請用牙簽、接種針或槍頭在菌絲位置挑取一小塊來擴大培養。
Q12：密碼子優化過的基因，金斯瑞是否還提供蛋白表達服務？
A12：金斯瑞同時可為合成的基因提供蛋白表達及純化服務。金斯瑞提供四大蛋白表達系統：原核蛋白表達系統、酵母蛋白表達系統、桿狀病毒-昆蟲細胞蛋白表達系統及哺乳動物細胞蛋白表達系統。
